安装SGDASS可能遇到的问题及解决方案

2023-12-15

SGDASS全称为Space Geodesy Data Analysis Software System，是Leonid Petrov开发的空间测地数据分析软件套装。本文提到的问题都是在首次安装SGDASS和pSolve时遇到的，不适用于软件升级的情况。

SGDASS的官网地址为：http://astrogeo.org/sgdass/。安装教程地址为http://astrogeo.org/backup/sgdass_20211218_INSTALL.txt。尽管Leonid已经写了非常详细的安装教程, 并写了自动化安装脚本sgdass_install.py，其目的我想也是为了简化用户的安装过程，省去不必要的麻烦。即使这样，我在安装的时候仍遇到了问题，现记录如下，以作为安装教程的补充。

编译器问题

SGDASS的安装教程提到安装SGDASS最好使用gcc-11.2.0版本（Leonid测试时用的版本）以及相应的gfortran和g++。为此，我将服务器系统升级到了Ubuntu 21.10，此时系统自带的gcc编译器(/usr/bin/gcc)就是11.2版本。然而，如果使用系统自带的gcc和gfortran编译器，在编译hdf5时就会得到如下的报错

f951: Fatal Error: Reading module ‘h5global.mod’ at line 1556 column 38: Unexpected EOF

这是由于编译器的库依赖不兼容导致的。检查服务器自带的gcc版本，得到结果如下

Using built-in specs.

COLLECT_GCC=/usr/bin/gcc

COLLECT_LTO_WRAPPER=/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/11/lto-wrapper

OFFLOAD_TARGET_NAMES=nvptx-none:amdgcn-amdhsa

OFFLOAD_TARGET_DEFAULT=1

Target: x86_64-linux-gnu

Configured with: ../src/configure -v –with-pkgversion=’Ubuntu 11.2.0-7ubuntu2’ –with-bugurl=file:///usr/share/doc/gcc-11/README.Bugs –enable-languages=c,ada,c++,go,brig,d,fortran,objc,obj-c++,m2 –prefix=/usr –with-gcc-major-version-only –program-suffix=-11 –program-prefix=x86_64-linux-gnu- –enable-shared –enable-linker-build-id –libexecdir=/usr/lib –without-included-gettext –enable-threads=posix –libdir=/usr/lib –enable-nls –enable-bootstrap –enable-clocale=gnu –enable-libstdcxx-debug –enable-libstdcxx-time=yes –with-default-libstdcxx-abi=new –enable-gnu-unique-object –disable-vtable-verify –enable-plugin –enable-default-pie –with-system-zlib –enable-libphobos-checking=release –with-target-system-zlib=auto –enable-objc-gc=auto –enable-multiarch –disable-werror –enable-cet –with-arch-32=i686 –with-abi=m64 –with-multilib-list=m32,m64,mx32 –enable-multilib –with-tune=generic –enable-offload-targets=nvptx-none=/build/gcc-11-ZPT0kp/gcc-11-11.2.0/debian/tmp-nvptx/usr,amdgcn-amdhsa=/build/gcc-11-ZPT0kp/gcc-11-11.2.0/debian/tmp-gcn/usr –without-cuda-driver –enable-checking=release –build=x86_64-linux-gnu –host=x86_64-linux-gnu –target=x86_64-linux-gnu –with-build-config=bootstrap-lto-lean –enable-link-serialization=2

Thread model: posix

Supported LTO compression algorithms: zlib zstd

gcc version 11.2.0 (Ubuntu 11.2.0-7ubuntu2)

Leonid认为可能是--with-arch-32=i686的编译flag，导致编译生成了32位架构的模块(h5global.mod?)，从而产生了错误。

解决方法是依照SGDASS安装说明中第V条的方法，在/opt64/目录下编译安装gcc-11.2.0，并使用新编译的gcc和gfortran编译器来编译安装SGDASS。

编译`vex_parser`和`sur_sked`时的问题

在解决编译器的问题之后，hdf5编译非常顺利，但是在编译vex_parser时又遇到了报错

make[1]: Entering directory ‘/data/sgdass/progs/vex_parser_20210707/src’

I/opt64/include -I../include -c -o get_band_range.o get_band_range.f

I/opt64/include -I../include -c -o matsub_nh.o matsub_nh.f

I/opt64/include -I../include -c -o vex_ang_fmts.o vex_ang_fmts.f

I/opt64/include -I../include -c -o vex_compar.o vex_compar.f

I/opt64/include -I../include -c -o vex_flags.o vex_flags.f

I/opt64/include -I../include -c -o vex_lists.o vex_lists.f

I/opt64/include -I../include -c -o vex_parser.o vex_parser.f

I/opt64/include -I../include -c -o vex_sou_idx.o vex_sou_idx.f

I/opt64/include -I../include -c -o vex_sta_idx.o vex_sta_idx.f

I/opt64/include -I../include -c -o sou_struc_fil_gen.o sou_struc_fil_gen.f

I/opt64/include -I../include -c -o souivs_to_sourfc.o souivs_to_sourfc.f

I/opt64/include -I../include -c -o sourfc_to_souivs.o sourfc_to_souivs.f

I/opt64/include: Command not found.

I/opt64/include: Command not found.

I/opt64/include: Command not found.

I/opt64/include: Command not found.

make[1]: [makefile:14: vex_compar.o] Error 1 (ignored)

I/opt64/include -I../include -c -o stp_compar.o stp_compar.f

make[1]: [makefile:14: matsub_nh.o] Error 1 (ignored)

make[1]: [makefile:14: vex_ang_fmts.o] Error 1 (ignored)

I/opt64/include -I../include -c -o stp_dir_parser.o stp_dir_parser.f

I/opt64/include: Command not found.

make[1]: [makefile:14: get_band_range.o] Error 1 (ignored)

I/opt64/include -I../include -c -o stp_fil_parser.o stp_fil_parser.f

I/opt64/include: Command not found.

I/opt64/include -I../include -c -o stp_obs_err.o stp_obs_err.f

I/opt64/include: Command not found.

make[1]: [makefile:14: vex_flags.o] Error 1 (ignored)

I/opt64/include -I../include -c -o stp_sefd.o stp_sefd.f

make[1]: [makefile:14: vex_lists.o] Error 1 (ignored)

make[1]: [makefile:14: vex_parser.o] Error 1 (ignored)

I/opt64/include -I../include -c -o stp_snr.o stp_snr.f

I/opt64/include -I../include -c -o stp_sta_idx.o stp_sta_idx.f

I/opt64/include: Command not found.

I/opt64/include: Command not found.

编译sur_sked遇到的问题与此类似，二者均是因为环境变量的设置问题。具体而言，编译这两个软件需要使用一些在/opt64/bin/petools_vars中定义的环境变量，但是这些变量并没有在定义。

解决方法：在.cshrc中加入一行

source /opt64/bin/petools_vars

来实现这些变量的定义。不过，petools_vars是在编译petools时从petools代码压缩包中解压并复制到/opt64/bin/ 目录下的。因此，为了保证编译顺利，有两种解决方法：

解压petools代码压缩包，手动复制petools_vars到/opt64/bin/目录下；
编译两次。

`postinstall`之前的准备

在编译完成之后，需要进行一些额外的配置，来保证pSolve和PIMA的正常工作。首先就是要将/opt64/bin加入在PATH路径变量中去。

查看安装配置文件的末尾，如sgdass_config_astrogeo.cnf，有

[PostInstall]:

psolve    psolve_reset AU 48000 48000

vtd       ${prefix}/bin/vtd_apriori_update.py -c /vlbi/vtd_data/apr.conf

pima      ${prefix}/bin/create_fftw_plan MEASURE 1           ${prefix}/share/pima/pima_wis_big.inp ${prefix}/share/pima/pima_wis_big_1thr.wis
pima      ${prefix}/bin/create_fftw_plan MEASURE 16          ${prefix}/share/pima/pima_wis_big.inp ${prefix}/share/pima/pima_wis_big_16thr.wis
pima      ${prefix}/bin/create_fftw_plan MEASURE ${num_proc} ${prefix}/share/pima/pima_wis_big.inp ${prefix}/share/pima/pima_wis_big_${num_proc}thr.wis

malo      ${prefix}/bin/malo_fftw_plan_create.csh

熟悉Solve的人可能知道，每次添加一名Solve的新用户（假设代号为XX），首先需要在letok文件中加入一行

XX  Some_Note

，之后运行

solve_reset XX max_num_obs(具体数字) max_num_par(具体数字)

来配置。 solve_reset的用法可以通过运行solve_reset来获知，此处不细说。

使用pSolve也需要执行同样的步骤。对于pSolve，letok文件所在的目录为/opt64/share/psolve/。在加入新用户之后，将SGDASS安装配置文件的用户代号（如sgdass_config_astrogeo.cnf中的“AU”）替换为新用户的代号。如果服务器上有多个用户，每个用户都需要执行一次psolve_reset。

结语

写到这里，整个安装过程近乎完成。如果将来我遇到了新的安装问题，我将会在这里更新。像Calc/Solve和pSolve这样非常小众的软件包，维护有限，用户手册也不多，安装时遇到的问题很多且没有现成的解决方案，初学者常止步于安装这一步。这一点我自己是深有体会的。 Leonid在方便用户安装他的软件包方面做了很好的示范，我在这里也分享我的一点经验，希望可以帮到国内的同行。

安装SGDASS可能遇到的问题及解决方案

编译器问题

编译vex_parser和sur_sked时的问题

postinstall之前的准备

结语

编译`vex_parser`和`sur_sked`时的问题

`postinstall`之前的准备